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中国科学院生态环境研究中心始建于1975年，前身为中国科学院环境化学研究所。经国家科委和中国科学院批准，1986年与中国科学院生态学研究中心（筹）合并，改为现名。1996年5月，经中国科学院和国家环境保护总局协商决定，实行中国科学院和国家环境保护总局双重领导，在沿用中国科学院生态环境研究中心原名的同时，启用中国科学院、国家环境保护总局生态环境研究中心。